但事实上，吴京依旧跟以前一样，在片场忙里忙外。剧组1700多人，管理起来比以往更加费劲。白天他需要不断在导演和演员的身份之间来回转换，晚上则需要对演员进行调度，同时想着第二天的戏该怎么拍。不同于宋歌在接受媒体采访时所强调的“重工业”拍摄方式，在《南方周末》的一篇报道中，编剧刘毅将吴京的这种工作方式戏称为“手工业电影”。
有人说他如同青年军官一样管理着他的士兵，也有人说他有时候不像一个老板，对敬业的员工表现出兄弟般的尊重，对那些懒散的表现则当场报之以愤怒的回应。但他觉得自己的工作方式只是出于一名动作演员的本能，并以此要求那些普通的场务和演员。
为了拍水下打斗的场景，他在身上绑着铅块，一次次跳下水面，累到虚脱，好友俞白眉对此不解，“觉得他疯了”。据俞白眉介绍，吴京对某位参演过《美国队长3》的替身演员在一场打斗戏中的表现不太满意，便亲自做示范，每次都是重摔在地，让自视甚高的对方也对眼前这位演员出身的导演表示了尊重。俞白眉将这种工作方式归结为吴京的“有瘾”。“如果一个特别难的动作让替身做，他就觉得亏了，所以一定得是自己来。”俞白眉这样对《中国新闻周刊》说道。
最终，拍摄过程花费10个月，剧组远赴非洲和国内多个地方，共完成了4077个镜头，素材将近4个小时。在所有镜头都拍摄完毕之后，这部影片开始做减法。
吴京将影片剪到了140分钟，但宋歌和俞白眉都觉得太长。“应该符合类型片的习惯，在120分钟左右最好”，俞白眉这样说道。于是，更多的镜头被删去。由于担心观众会因不适应这种重工业大片而“走神”，他们留下了大部分的打斗场景，让吴京扮演的主角看起来像是一位超级英雄，从一开始便“全程高能”，这也导致影片的打戏过于频密。