记者从河南省工商局查询获得的信息显示，河南农垦集团经营范围是“农业种植、农业开发、林业种植、仓储”，并不包括房地产开发；河南腾达公司经营范围为农副产品科研和质量检测；农副产品技术咨询、销售，同样不包括房地产开发。
根据我国建筑法的规定，从事建筑活动的相关单位，在取得相应等级的资质证书后，方可在其资质等级许可的范围内从事建筑活动。
记者梳理发现，针对中部生态城教育科研用地上兴建别墅公开售卖，涉嫌未批先建等多项违规的情况，当地主管部门并非不知情，相反还对企业违规大开绿灯。
记者获得的一份新乡市平原新区管委会向河南腾达公司下发的《开工通知》显示，为加快项目的推进速度，根据单位实际情况，经研究同意河南省农副产品质量安全科研检测中心项目于2012年11月9日进场施工，“相关手续正在办理”。
也就是说，新乡市平原新区管委会在项目手续并不完备的情况下即向河南腾达公司下发《开工通知》，并要求“高效施工，按计划完成项目建设”。
而新乡市平原新区管委会出具的规划意见函也明确，项目规划总面积约507亩，用地性质为教育科研用地。“主要建设内容包括核心检测区、科研一区（食品及检测技术研究院）、科研二区（生物技术研究院）、中央综合功能区、集团及下属子公司研发基地以及其他配套设施。”2012年7月5日，新乡平原新区发改局出具的企业投资项目备案确认书也并未提及别墅项目。
中部生态城项目所在的祝楼乡新庄村村民告诉记者，建别墅的土地至今还是通过以租代征的方式从村民手里租的农用地，以前都是小麦口粮田，“一租就是50年，一亩地给一千多块钱，说是建农产品检测中心，现在都盖成别墅了”。另据央广网报道，平原新区土地储备中心主任高磊表示，中部生态城目前刚刚办完征地手续：“到目前为止，征地刚结束，随后的规划什么手续还没有走，也就是说目前是处于停工状态的，所有手续处理完以后才能恢复施工。”
不过，河南腾达公司一位徐姓负责人给出了另一种说法，虽然当时征收土地的批文还没有下来，但平原新区管委会是许可开工建设的，“当时因为它是个检测中心，那个时候所有的开发区都是边施工边办证。腾达公司取得了所有的临时手续，也就是政府同意让开工的，而且下了通知。”
据记者了解，对于中部生态城土地违规等问题，国土部济南督察局已介入调查。
此外，对于别墅项目违法施工问题，当地还面临着“先罚后补”的质疑。高磊坦承，中部生态城确实存在未批先建的问题，平原新区方面已经下达过处罚决定，且违法企业也已经足额缴纳了罚款。
记者获得的一份处罚支付凭证显示，缴纳罚款的并非项目投资方河南农垦集团和运营商河南腾达公司，而是此前早已从项目退出的河南省农垦清真肉业有限公司（下称清真肉业公司）。2013年1月24日，平原新区管委会向清真肉业公司收取672万元的土地罚款，三个月之后平原新区又以补偿款的形式拨付给清真肉业公司了670万元。